بدأ مجلس شؤون الجامعات في إجراء تعديلات واسعة على نظام الجامعات، تمهيدًا لرفعه للجهات العُليا لإقراره؛ بهدف تطويرالأداء بما يتماشى مع المستهدفات الوطنيَّة ورؤية المملكة 2030، من خلال النظر في حوكمة المجالس المنصوص عليها في النظام، وتعزيز أدوارها ومسؤوليَّاتها.​ ويتضمَّن النظام الجديد إخضاع جميع موظَّفي الجامعة -بمن فيهم أعضاء هيئة التدريس، والإداريون والفنيون- بالجامعة؛ لنظام العمل ونظام التأمينات الاجتماعيَّة.

وتتضمَّن التعديلات استقلاليَّة «مجلس شؤون الجامعات» ليتمتع بالشخصيَّة الاعتباريَّة والاستقلال المالي ​والإداري، ويرتبط برئيس مجلس الوزراء، ويضم وزير التعليم رئيسًا، وعضويَّة وزير الماليَّة، وزير الموارد البشريَّة والتَّنمية الاجتماعيَّة، وزير الاقتصاد والتخطيط، وزير الثقافة، وزير الصحَّة، رئيس مجلس إدارة هيئة تنمية البحث والتطوير والابتكار، ورئيس مجلس إدارة هيئة تقويم التعليم والتدريب، واثنين من رؤساء مجالس الأمناء، وثلاثة من رؤساء الجامعات أحدهم من الجامعات أو الكليات الأهلية، اثنين​ من ذوي ​الخبرة والاختصاص، والأمين العام لمجلس شؤون الجامعات، عضوًا وأمينًا.

وتتضمَّن التعديلات أنْ يُكلَّف رئيس الجامعة بقرار من مجلس شؤون الجامعات، بناء على توصية رئيس مجلس شؤون الجامعات بعد ترشيح مجلس الأمناء، ويكون التعاقد معه على نظام العمل لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد.

كما ستكون مهام مجلس أمناء الجامعة إقرار رؤية الجامعة ورسالتها وأهدافها، والموافقة على تكليف نواب رئيس الجامعة، والتوصية بالموافقة على إنشاء الكليات، والعمادات، والمعاهد، والمراكز واعتماد خطط البحث العلمي بالجامعة.